Si j'ai bien compris, selon votre interprétation ce passage du Codex Alexandrinus a été falsifié pour y insérer l'idée (non-présente auparavant) de la "divinité de Jésus Christ" ou de l'incarnation divine dans la chair. En rajoutant au relatif "OS" , deux traits : l'un pour transformer le oméga en théta, l'autre étant utilisé pour faire croire à l'abréviation du mot THÉOS.
Mais c'est bien le seul endroit où cette théorie marche (dans ce passage les paléographes ont surement raison, mais il n'ont pas l'interprétation excessive que vous en avez. + c'est suremment une erreur de copiste et non une falsification sournoise...). Déjà dans Jean 1 il est dit que premièrement Dieu était le Verbe "O THÉOS HN O LOGOS" et que deuxièmement le verbe s'est fait chair "O LOGOS SARX EGENETO" (donc Dieu s'est fait chair") La divinité de JC est bel et bien décrite! Ici, si l'on émet l'hypothèse que le mot THÉOS, comme dans le Codex Alexandrinus, était primitivement un relatif "OS", le sens n'en est même pas altéré= puisque le nom précédent est THÉON à l'accusatif. Ce qui donnerait "le verbe était auprès de Dieu, (et) qui était le verbe." L'hypothèse du OS dans Jean 1 ici non seulement ne change en rien la signification mais en plus est fausse, puisque que déjà dans les papyrus plus ancien comme le 66 ou le Brodmer II, l'abréviation théta sigma surmontée d'un trait existait déjà et sans confusion possible avec le relatif OS car premièrement les formes du théta et du omicron étaient à l'époque différentes: le rong du théta plus alongé avec bar central très longue et le omicron souvent plus petit et plus rong (contrairement à l'écriture onciale des codex ultérieurs comme le Alexandrinus où la seule diff entre un théta et un omicron c'est bien souvent un trait excessivement fin et à peine visible dans le théta.) et deuxièmement parce que les lettres sont claires et parfaitement lisibles dans ces documents.
De plus, remplacer le mot THÉOS par OS ne marche pas si on met THÉOS à un autre cas... alors comment l'interpréter au génitif comme dans "YIOS TOU THÉOU", fils de Dieu.
CONCLUSION:
1- le cas de Timothé 1 est un problème de copie des manuscrits (et non une falsification manipulatrice), comme il en arrive souvent surtout pour les expressions de graphie similaires (souvent avec Θ et Ο justement). Le passage en question ne remet point en cause l'idée que Jésus est Dieu incarné dans la chair même avec la forme OS. Pour preuve, ça n'a point dérangé les copistes du Codex Sinaiticus, plus ancien, où ce OS est bel et bien présent, il y a juste théos de gribouillé au dessus comme lecture possible.
2- S'il on devait répertorier tous les passages parlant clairement de la divinité de JC (le prologue de Jean que j'ai utilisé avant en est un), l'hypothèse d'un pronom relatif falsifié en THÉOS ne marche tout simplement pas (aussi bien du point de vue de la grammaire que du sens), surtout pour les formes déclinées de théos et de l'article qui va avec.